五根，合以五門分別，一、諸宗不同，二、出體性，三、釋名字，四、立通差別，五、類異有殊。
諸宗不同者，順世外道說，一切法皆以地、水、火、風四大為性，由此五根體即四大。勝論師說，眼根即火，耳根即空，鼻根即地，味根即水，皮根即風，五大俱是實句所攝。堅、濕、暖、動皆性無礙，德句所攝。眼唯得三，但除風大，身根得四，亦得堅等。數論師說，自性成大，大成我執，我執成五唯，五唯成五大，五大成十一根。有說火成眼根，空成耳根，地造鼻根，水成舌根，風造皮根。心根有二說，一說是肉團，唯地大造或五大共造，一說非色。其六根中，耳唯無礙，說心根非色者亦無礙，餘皆有礙，皆性是常。大眾部等，體即四塵，肉團為性，無別淨色，不能取境，稍勝餘色，故名清淨。薩婆多師，別有四大，生等五因為因緣造眼等五根1，大唯身觸，根雖和集，竝實有體。成實論師名師子胄，本於數論法中出家，因立彼義云，四塵成四大，四大成五根。經部師說，根雖所造，然通假實，極微是實，麁是假故。說假部說，亦通假實，在蘊門實，界、處假故。一說部說，根唯有名，都無色體。說出世部說，有漏根假，無漏根實。今依大乘中，略有四釋，出體門中當具顯示。
出體性者，《唯識》第四略有二說，一、難陀師等說：唯是種子，無別現行淨色五根。此有四義，(一)唯見分五識種子，(二)唯相分五塵種子，(三)通取見、相二分種子。此三皆是難陀師義。(四)護法菩薩假為救言，取感五識增上業種，名為五根。《唯識》第四說：「眼等五識，無別眼等為俱有依，眼等五根即種子故。《二十唯識》伽陀中言：『識從自種生，似境相而轉，為成內外處，佛說彼為十。』乃至廣引《觀所緣論》頌2說云，彼頌意言，異熟識上能生眼等色識種子，名色功能，說為五根，無別眼等，種與色識常互為因，能熏與種遞為因故。」又復彼云：「有避前來所說過難，朋附彼執復轉救言：異熟識中能感五識增上業種，名五色根，非作因緣生五識種。」
二、護法等正義，別有現行淨色為其五根，故《唯識》云：「五識俱依，定有四種，謂五色根、六、七、八識，隨關一種必不轉故。」《對法》等云：「眼根云何？謂四大種所造，眼識所依清淨色為體。乃至身根，身識所依淨色為體。」《唯識論》云：「此中且說不共所依。」《對法》又云：「眼界者，謂眼曾、現見色，及此種子積集異熟阿賴耶識3。」即取現、種俱名眼界，餘四界皆然。
問：眼界、眼根二義何別？根唯取現，不說種耶？答：持因稱界，種亦界名。增上名根，種非根攝。問：現根增現識，現色得根名，根種增識種，應同現根攝，對法論云「由根種子生現根已，識之種子方生現識」故？答：大種所造，功用增上，現得根名。種非大造，用非增上，故非根攝。問：現眼依大起，是眼亦稱根，大種亦為根種依，如何眼種非根攝？答：此依顯相，種子非根。據理依文，種亦根攝，故〈決擇〉說眼等五根通現、種故。
釋名者，諸論同說，根者，增上義、出生義是根義。與眼等識為威勢增上、為因出生，故名為根。五是數名，即帶數釋。眼者，照、了、導義，名之為眼。《瑜伽》第三云：「屢觀眾色，觀而復捨，故名為眼。」梵云斫芻，斫者行義，芻者盡義，謂能於境，行盡見行，盡見諸色，故名行盡。翻為眼者，體用相當，依唐言譯。耳者，能聞之義，梵云戍縷多，此云能聞，如是我聞，亦云戍縷多。故《瑜伽》云：「數數於此，聲至能聞，故名為耳。」翻為耳者，體用相當，依唐言譯。
鼻者，能嗅義，梵云揭邏拏，此云能嗅。故《瑜伽》云：「數由此故，能嗅於香，故名為鼻。」翻為鼻者，體義相當，依唐言譯。舌者，能甞、能吮、能除飢渴義梵云時乞縛，此云能甞，能除飢渴，故《瑜伽》云：「能除飢羸，數發言論，表彰呼召，故名為舌。」然由世俗發言論者，是舌依處，故《瑜伽》中通以勝義、世俗二義俱名為舌。翻為舌者，義相當故，依唐言譯。
身者，積聚義，依止義。雖諸根大造竝皆積集，身根為彼多法依止，積集其中，獨得身稱。梵云迦耶，此云積聚，故《瑜伽》云：「諸根所隨，周遍積集，故名為身。」雖復迦耶是積聚、所依義，翻為身者，體義相當，依唐言譯。此中，眼體即是其根，乃至身根，皆持業釋，皆有出生、增上義故。
立通差別者，此中眼、耳立之為通，餘三不立。夫言通者，離擁障義，加之神名，名六神通。離諸擁障，妙用難測，名曰神通。眼、耳二根，離質用遠，離擁義增，妙用難測，故別立通，餘三不立。然此二種，修方便生4，除障擁得者，名之為通，不爾用狹，不與通稱5。通者，唯四禪有，非通者，五地成。非通者，各唯自地起，通者，異地起，然下起上，非上起下，非修起故6。其通者通有、無漏，佛亦有故。然天眼通亦立為明，與生死智通為前導故，觀諸業色，見因尋果勝天耳故。天耳非明，天耳不能除三際愚故7。其欲界天等雖能徹視，作用不廣，不立為通，生得眼、耳非修斷擁之所得故。然有經中說，五色根在佛位中，皆名為通。佛用勝故，餘即不爾，今依三乘通得之通，故唯二根。
類異有殊者，《瑜伽》第三、五十四說：「類異有三，一，異熟類，此有二種，一、業生最初起者，二、相續後時轉者。二、長養類，此復有二，一、處寬遍8，由食、睡眠、梵行、等至之所長養。二、相增盛，亦由食故、彼所依故、修勝作意故、長時純熟故之所長養9。三、等流類，此有四種，一、異熟等流，二、長養等流，此二即前二類所攝；三、變異等流，四、本性等流，異熟、長養二種不攝皆後二故10。五根唯有異熟、長養，離此二外無別等流。」此依三類體別而說。此五色根，具二異熟及二長養，總說如是。
其眼、耳根，修果名天，餘皆名肉。天唯長養，具二養義，肉通異熟及長養二，養二皆具11。天眼非業之所生故，不通異熟。有異論師作《雜心疏》，時雖不用，亦謂自計當其深理12，乃云說一切有部，身在下地起上身根，以《雜心》云「極微在四根，十種應當知，身根九餘八，謂在有香地13。」此理不然，俱舍論云：「欲微聚無聲，無根有八事，有身根九事，十事有餘根14。」以欲標名，顯是欲界極微聚說，非說上界微聚亦爾，起彼眼、耳當成身等15。又違《發智婆沙》所說，彼云：「頗有成就彼眼根，不成就彼身根耶？答曰：有，謂身在下起上天眼，不成彼地身根。」如是等故，但是學不師授，文不遍尋，妄率胸情，浪生穿鑿，應依典據，以範後學耳。《瑜伽》第三復有類例，有一種眼，謂能見色，有二種眼，謂長養、異熟，乃至十一種眼，謂去、來、今、內、外、麁、細、劣、妙、遠、近眼。耳等亦爾，然有差別，論自顯之。有假眼、實眼，義准應悉。恐厭繁文，故略而止，廣如彼說。