何緣世尊說十二處？
窺基：此為外人之第三問。即是，若無心外實眼、色等，何緣世尊於契經中說十二處？應但說有意、法二處才是。
窺基：此答解釋外疑，於中有二。第一釋曰，經說有十二種處者，非是說離識心外，別有眼等、色等為十二處，故此所說無心外實眼、色等，亦不違經。《唯識二十論》卷1云：「依何密意說色等十，頌曰：識從自種生，似境相而轉，為成內外處，佛說彼為十。論曰：此說何義？似色現識，從自種子緣合轉變差別而生，佛依彼種及所現色，如次說為眼處、色處，如是乃至似觸現識，從自種子緣合轉變差別而生，佛依彼種及所現觸，如次說為身處，觸處，依斯密意，說色等十。」即顯非離識外，有眼、色處。然彼論是以未建立第八識故，隱五色根不說，說種為根，恐小乘人執眼等、色等離識故。今此論文是約本識等申明正義，不同彼論之所釋。
為入我空，說六二法。
窺基：第二釋曰，即如《唯識二十論》卷1云：「此密意說，有何勝利？頌曰：依此教能入，數取趣無我，所執法無我，復依餘教入。論曰：依此所說十二處教，受化者能入數取趣無我。謂若了知，從六二法，有六識轉，都無見者，乃至知者，應受有情無我教者，便能悟入有情無我。」即是由破一合實我想故，令入我空，故說色等十處，非說實有眼等、色等，離識別有。
窺基：有問：「據實而言，唯有其識，何須別說有十二處？」答曰，如遮斷見，故佛說有化生有情。此以喻顯何以佛說有十二處。《唯識二十論》卷1云：「頌曰：依彼所化生，世尊密意趣，說有色等處，如化生有情。論曰：如佛說有化生有情，彼但依心相續不斷，能往後世，密意趣說，不說實有化生有情，說無有情我，但有法因故。說色等處，契經亦爾，依所化生，宜受彼教，密意趣說，非別實有。」此意，佛說無我，然有外道計我實有，以為佛說死已，後即斷滅無餘，便來問佛：「死後既然無我，寧非斷滅？」佛答彼曰：「有化生有情續於死後，非謂斷滅。」實無有情，但有如幻化生有情，佛觀彼意，恐彼計執死後斷滅，是故說有中有化生有情，非許實有化生有情，但是隨順所宜，佛便為說。契經說十二處，其義亦然，法體離言，幻化法故。
窺基：此釋外疑。外人疑問：「眾生計執有我，為破實我，說十二處，眾生計執有法，為破彼法，亦應別說。」答云，唯識二十論中復說頌言「所執法無我，復依餘教入」，彼論以長行解釋云：「復依此餘說唯識教，受化者能入所執法無我，謂若了知唯識，現似色等法起，此中都無色等相法，應受諸法無我教者，便能悟入諸法無我。」即是以說唯識除其法執，令彼了知外法亦非有故。