一切種相，應更分別。
窺基：上來雖已說明此第八現行識，能持法種，與法為種，然而仍未盡理，故今應於一切種相，更廣分別。
願施：《成唯識論疏義演》卷2云：「能持法種，與法為種者，即現識從於所持種，且為因相，以一切種子不離識故，識得種子名，約生一切法邊，名種子識，約緣境、執受根邊，名為現識。」
此中何法名為種子？
窺基：此即以問發起論端。
窺基：自此以下廣釋一切種相，初以十門分別種子，次後辨明熏習之相。此即第一門，出陳種體。言「本識」者，顯示種子所在之處。言「親生自果」者，是說要望自品能親生故，方名種子，此簡別異熟因，彼因望所生果，非親生種子故。言「功能差別」者，是以功能顯種子相，此簡別現行七轉識等，彼等望自所熏生之種，雖是因緣亦是親生，然是現行法故，非名功能。
窺基：此是第二門，一異分別。即此種子，望於所依本識及所生果，皆為不一不異。
體用，因果，理應爾故。
窺基：此釋為不一不異之所以。即是，本識是體，種子是用，種子是因，所生是果，此體用及因果二法，理應如是不一不異。種子望於本識，以攝相歸性故，則種子皆無記，若約種從現行，以相用別論故，則種子通三性。若體、用即是一，因與果即是一，即不可說有因果法，有體用法。若體與用、因與果一向異，應穀、麥等能生豆等，許因與果一向異故，亦應法滅方為有用，許體與用一向異故，如此即不合理。
窺基：此是第三門，辨明假實。有妨難云，如生望法，非是一、異，即說生為假，種子望於法，亦非是一、異，亦應言種子非實。論主回答，生等假法，如龜毛等，體是無法，非因緣故。種子望法，雖非一、異，然是因緣，故體實有。
窺基：此為安慧等難。彼云，汝說生等與法非為因果，不可例同於種，然而此與諸法既非一、異，有因果故，應如瓶等，是假非實，瓶體是假果，色等為因故。
窺基：論主質問：「真如與諸法既然亦非一、異，即應亦是假有，如汝所說種子故。」真如是法性，與法不一不異，故得為喻。此難清辨、安慧等師。設彼救言：「真如亦假，不起故，如空華。」論主即難：「許則便無真勝義諦，真勝義諦若許無者，則是約誰而說有世俗諦？又如何有涅槃可證，以及有造福、修道、求成佛等事？」論言「真勝義」者，是說真如，真如唯真，名真勝義，蘊、處、界等，通真、俗諦，非真勝義。
窺基：此是第四門，二諦分別。有問：真如非假，是勝義有，種子亦應如此，為實有體。於此所問，須作說明，即是此諸種子，唯是世俗諦中說為實有，不同真如。真如唯是勝義勝義，種子與其不同，非唯勝義，亦通世俗，即道理世俗故。今論為顯種子異於勝義，故說唯依世俗，非是不通勝義。再者，又依瑜伽論說勝義即唯非安立諦，故此論文於種子說唯是世俗，於真如言唯是勝義。據實而言，種子亦通勝義。此中所說種子，是通一切有漏、無漏種子，以種義皆同故。
窺基：此是第五門，四分分別，即明有漏種子是依本識何分。論言此種雖依異熟識體，即是說依於自體分，非依見分。見分一向緣於前境，是自體分上一分位，以義用別故，亦非受熏故，此言種子依識自體，自體即是所受熏處，是故種子不依見分。若據四分別攝而言，此種子即是相分攝，非是見分等攝。見分是緣自證分上差別功能以為相分，不是緣於自證分體，否則，即無證自證分。
窺基：此是護法解釋何故種子不是自體分攝。此意，種子是識體上功能義分，是見分所恒緣，故是相分。
願施：真如是否應是相分？
窺基：真如但是識之實性，體實無相，不同種子，故非相分，種子非是識實性故，故為相分。
窺基：自此以下是第六門，三性分別。此說，諸有漏種子與第八本識體無別故，性類是同，唯是無記。
窺基：由於能生、所生之法，皆通善等三性，故說有漏種子亦通三性。論言因、果俱善等性，是說此諸有漏種子，其能熏現行是因，後所生現行是果，因、果皆通三性。此即是以功能差別門而說種子通三性，前文是依體門，故說種子性唯無記。
窺基：前已辨明有漏種性，此明無漏種性。無漏種子，非是異熟識性所攝，故非無記。無漏種子體性，不順本識體性，體既不同，故二不可相即，又且性類有別，即諸能治、所治之法，其漏、無漏性亦相殊，是故二者不可相即。此是以一「性」字，通合體性、性類二種作解。既然此無漏種不從本識而名為無記性，則應為是何性？應此無漏種子，唯名為善，因、果俱是善性攝故。法爾本有種子，以念念相續是同類因故，若是前念本性是善，則後念等流果，其性亦善，乃至於後生現行果，果性亦善。既然法爾無漏種子，非第八識性之所攝，故是善性，亦無有過。此即法爾無漏種子未熏習位，有「自類相望，因、果俱善」如是義。若有後法熏習，即是由見道前聞、思等熏，令其增長，雖此能熏是有漏因、增上緣，能令無漏種果增長，然而善性不變。見道以後無漏法之熏習，其理顯然可知。法爾一切無漏之法，順理違生，無惡、無記，故知諸無漏種唯是善性，非惡、無記。
願施：諸無漏種，既然不是異熟識性所攝，是否即非識分？
智周：傳有兩說。第一說，無漏種子是相分收。於此，有一疑問：若無漏種子即是相分，則第八識應緣此種。解答有二，一云，許第八識緣此種，無有過失。此釋不正，因為因位中第八識，唯是有漏，不可有漏心所緣之相是真無漏，是故不許第八識緣此種。一云，不緣，但說見分親所緣者，皆名相分，不言諸相皆是見分所緣，雖第八識不緣無漏種子，然此諸種不離識故，於唯識理，並無相違。第二說，既此種子是依於自證分，非見分緣，即是自證分攝，若至無漏果位，無漏種子，即相分收，是淨見分之所緣故。於此二說，有義決斷而云：前說為勝，雖在因位，此非是見分所緣相分類，然從餘之相分，說為相分所攝。
願施：《成唯識論疏抄》卷4云：「云順理違生者，無漏法順善法道理，違生死惡法也。」
窺基：此問，既然無漏種子非是異熟識性，則何故瑜伽論第五十七卷攝決擇分說，二十二根一切皆有異熟種子？又說二十二根一切皆異熟生？此中即為二問，第一問異熟種，第二問異熟生。
願施：對於二十二根，《瑜伽師地論》卷57云：「問：幾是異熟？答：一，九少分。問：幾有種子異熟？答：一切皆有。問：幾非異熟？答：十二，九少分。問：幾是異熟生？答：亦一切，種子所攝異熟所生故。」文中所答，是說何根？
窺基：幾是異熟？其答即是一命根及九根少分，此中九根少分是指七色根、意根、捨根。幾非異熟？其答即是十二根及九根少分，此中十二根者，是說信等五根、三無漏根及四受根（除捨根），此中九根少分者，是指七色根、意根及捨根之中，通攝長養、善性等者。
窺基：答云，此諸無漏種子雖名異熟，而非無記，即體雖非異熟，然由所依之識是異熟故，名異熟種。
異性相依，如眼等識。
窺基：有問：「既然無漏種子，依異熟故，名異熟種，即應依異熟無記性，名無記性。」論主回答，諸無漏種與所依異熟識，如眼等識與所依眼根等，皆是異性相依。既然依眼根識，從根為名，名為眼識，而不可說眼識依眼根故，亦名無記，則無漏種亦應如此，不名無記。此文所說，除佛無漏種子。
智周：佛種不依異熟識故，又佛五根亦是善性，故不能取眼等為喻，所以簡除佛種。
窺基：或此無漏種子，由熏習力轉變成熟，與本種異故，立異熟名，即本種要轉變已而方成熟，能生現行，此不同於由善、惡業為因所招之無記性所攝異熟。此無漏種名異熟者，非是因、果性別云為「異」、果起酬因說名為「熟」之異熟。此說亦通佛果諸無漏種。是故，瑜伽論說二十二根皆名異熟及異熟生，又彼論中無處有言二十二根皆通無記，因此不可以異熟無記性為難。