一 一切種子皆是本來而有
窺基：此是第七門，新熏、本有分別，於中有三種說法，初說一切種子唯是本有，上古以來諸師多說如此，今護法論師是敘述近代護月等師之義。此文標宗，即是，一切有漏、無漏種子，皆是法爾本有，非是本無今從熏生。
窺基：此文即是會通經論。此意，諸經論中言種子是由熏習而有者，是說熏習但能增長本有種子，非是熏成新種。
窺基：自此以下是引經為證，有三段文。初引通有漏、無漏種之經文，次引唯說無漏種之經文，後言有漏例同無漏。此文即是引三乘通信之經，大莊嚴論中亦引此經，經名無盡意。既然經說無始時來有種種界，故知有漏、無漏種子，皆是無始法爾而有。其「惡叉」者，形如無食子，落在地時，多是為聚，故以為喻。
智周：論言「如惡叉聚」，意說於一聚中，法爾而有眾多品類，此惡叉聚，西域地有。《瑜伽師地論》卷96說：「雖界種類，十八可得，然一一界，業趣有情，種種品類，有差別故，當知無量，譬如世間大惡叉聚，於此聚中，有多品類，種類一故，雖說為一，而有無量。如是於其一一界中，各有無量品類差別，種類一故，雖各說一，而實無量。」
願施：《瑜伽論記》卷13說：「三藏云：西國中見惡叉子，欲似此間染靴無食子也，西國取之將染，或押取油。此間無名可翻，故存惡叉。」
窺基：此說，經中所言「界」，即種子差別之名，故知種子皆法爾有。
窺基：此引大乘阿毘達磨經，是大乘通用之經。由此證明一切有漏、無漏種子亦是無始本有。
願施：《瑜伽師地論》卷2云：「又種子體，無始時來，相續不絕，性雖無始有之，然由淨、不淨業差別熏發，望數數取異熟果，說彼為新。」
願施：《瑜伽師地論》卷2云：「復次，此一切種子識，若般涅槃法者，一切種子皆悉具足，不般涅槃法者，便闕三種菩提種子。」
如是等文，誠證非一。
窺基：此則曲解經文作總結說，如是經文眾多非一，皆證一切有漏、無漏種子法爾本有。
窺基：此即別引瑜伽論第五十七卷所說，證明無漏種子本有。彼論說二十二根中，地獄成就三無漏根，是種子非現行。
願施：《瑜伽師地論》卷57云：「問：生那落迦成就幾根？答：八，現行、種子皆得成就，除三所餘，或成就或不成就。三約現行不成就，約種子或成就，謂般涅槃法，或不成就，謂不般涅槃法。餘三，現行故不成就，種子故成就。」文中所說「三約現行不成就，約種子或成就，謂般涅槃法，或不成就，謂不般涅槃法」，即是在說三無漏根。《瑜伽師地論略纂》第十五卷，對於此文有詳解。
窺基：此文是《菩薩地持經》、《菩薩善戒經》及瑜伽論菩薩地中皆說。此即是說菩薩本性住姓。
窺基：由此等文，可證無漏種子，法爾本有，不從熏習新生。
窺基：此為第三，言有漏種例同無漏，亦是法爾本有。無漏種子無始以來，不曾生起現行，然有經論誠說，法爾本有無漏種子。有漏種子無始以來，即曾生起現行，雖然無教分明別說其為本有，義准同無漏種，亦應法爾本有。
如是建立，因果不亂。
窺基：此為立理。即是諸法種子，最初但有一物，後生果時可無雜亂，若是更有新熏，或唯有新熏種，則種子便增多，後生果時，此果是從何種生起？若是更有新熏，且唯一種生果，餘種不生，則新熏種既然與本有種，功能齊等，卻有生、不生果之別，因果便亂。若二種子共生一芽，則外麥、豆等，亦應例同，皆是共生。若唯有新熏種，無本有種，且唯一種生果，理亦不然，不可初熏後不熏故，熏生種子既多，比量知功能皆齊等故，理應非唯一種生果。如是可知，唯我所立，因果無亂。然以無漏種子未增長位，名為本性住姓，後增長已，名為習所成姓。有漏種子亦是，本有種子未熏增長，名為本性住種，後熏增已，名為習所成姓。若是種子唯是新熏，則要以何種為本性住種？若無本有無漏種子，則見道當如何生起？
二 一切種子皆是熏習而生
窺基：自此以下是第二種說法，即種唯是新熏。此是勝軍祖師、難陀尊者之義。此文立宗而言，一切有漏、無漏種子，法爾皆是新熏而生。
智周：無漏現行於凡位中，猶未能起，故不得言能熏無漏亦無始有。
窺基：此為理證。即是，種子是習氣之異名，習氣之法必由熏習而有，如胡麻中所有香氣，是由華熏故生，故種皆是新熏。
窺基：此是引多界經為證。如彼經中不說諸種積集，不是由於染、淨諸法熏習，故知諸種皆是新熏。
窺基：又《攝大乘論本》卷1中，無著菩薩云：「外或無熏習，非內種應知；聞等熏習無，果生非道理。」故知，無有內種不是由熏習有。
窺基：此即約教申理。其名言等三種熏習，總合攝盡一切有漏種子，彼等既由熏習方有，故知有漏種子必藉熏習而生。
願施：論言「名言等三種熏習」者，是說名言習氣、我執習氣、有支習氣三種。
窺基：上來已證有漏種子皆由熏生。此文立宗，說無漏種亦由熏生。
窺基：言「等流正法」者，是說正法從法界平等而流出，即是從正智等次第而生。何以無漏種亦由熏習生？如《攝大乘論釋》卷3中說，由聞熏習，聞淨法界等流正法而熏起故。又《瑜伽師地論》卷52云：「從真如所緣緣種子生。」其義亦與此文相同。
智周：無性《攝大乘論釋》卷3云：「又出世心，昔未曾習故，彼熏習決定應無，既無熏習從何種生？是故應答，從最清淨法界等流，正聞熏習種子所生。」無性釋曰：「此顯淨心有別種子，決定不從阿賴耶識種子而生。云何別種？謂最清淨法界等流正聞熏習。最清淨法界者，諸佛法界，永離一切客塵障故。言等流者，謂從法界所起教法。無倒聽聞如是教法，故名正聞。依此正聞所起熏習，是名熏習。即此熏習能生出世無漏之心，名為種子。如是種子，非阿賴耶識，是未曾得故。」又《瑜伽師地論》卷52云：「問：若此習氣攝一切種子，復名遍行麤重者，諸出世間法從何種子生？若言麤重自性種子為種子生，不應道理。答：諸出世間法，從真如所緣緣種子生，非彼習氣積集種子所生。」此中「從真如所緣緣種子生」，如《瑜伽師地論略纂》第十三卷中廣解。
是出世心種子性故。
窺基：又攝論說，入地前之聞熏雖是有漏，然為出世法之種子性。故知，無有法爾本有無漏種子，而見道者，唯是以有漏熏習為見道之因。
願施：《攝大乘論本》卷1云：「又此正聞熏習種子下、中、上品，應知亦是法身種子，與阿賴耶識相違，非阿賴耶識所攝，是出世間最淨法界等流性故，雖是世間，而是出世心種子性。」
窺基：若種唯是新熏，如何聖說有五種姓之別？此文即是新熏師之解釋，彼說，由於本來無有熏生無漏種子，故有情種姓之差別，不是由無漏種子之有無。
窺基：即是約煩惱及所知障品之有無而建立。
窺基：如瑜伽論第五十二卷說，於真如境，煩惱、所知二障畢竟不可斷者，立為不般涅槃法姓。唯所知障不可斷者，一分立為聲聞種姓，一分立為獨覺種姓。煩惱、所知二障皆可斷者，即立此為如來種姓。
願施：前言一分立為聲聞種姓，一分立為獨覺種姓，此二如何分別？
窺基：障雖齊等，然而解有利鈍，於斷煩惱障中修習，有利與鈍之差別故。
願施：《瑜伽師地論》卷52云：「何因緣故，建立三種般涅槃法種性差別補特伽羅，及建立不般涅槃法種性補特伽羅？一切皆有真如所緣緣故。所以者何？答：由有障、無障差別故。若於通達真如所緣緣中，有畢竟障種子者，建立為不般涅槃法種性補特伽羅，若不爾者，建立為般涅槃法種性補特伽羅。若有畢竟所知障種子布在所依，非煩惱障種子者，於彼一分建立聲聞種性補特伽羅，一分建立獨覺種性補特伽羅，若不爾者，建立如來種性補特伽羅。」
窺基：此會通瑜伽論所說「成就三無漏根，是種非現」文。即是，彼文是約煩惱等可斷之義，而說後無漏種子可生，名為成就，非是無漏種未熏生之時，即有體性。
三 一切種子含攝本有、熏生兩類
有義，種子各有二類。
窺基：此為第三種說法，是護法師義，即是有漏、無漏種子，各有本有、新熏二類。
窺基：此文即是出本有種子體。
窺基：此是引經為證，同前護月所說。
此即名為本性住種。
窺基：此即名為本性住種，法爾有故。
窺基：此出新熏種體。
窺基：此是引經為證。於中不說如前引證，以彼文亦有非新熏師引證故，此於後文自當會通。
窺基：此即名為習所成種，新熏生故。
窺基：自此以下是作破斥，其中有二，先難本有，後破新熏。對於唯本有義，此文總標，彰顯難意。
如契經說：
窺基：自此以下是引教成理難。此文引自於阿毘達磨經。經言「諸法於識藏」者，是說阿賴耶識為能攝藏，即此識與諸識作二緣性，一、為彼種子，二、為彼所依。經言「識於法亦爾」者，是說阿賴耶識為所攝藏，即轉識與阿賴耶識亦為二緣，一、於現法長養彼種，二、於後法攝植彼種。經言「更互為果性」者，是說互相生故，所生為果。經言「亦常為因性」者，顯此二法更互亦常為因。瑜伽論第五十一卷，廣說其相。
願施：《瑜伽師地論》卷51云：「云何建立互為緣性轉相？謂阿賴耶識與諸轉識作二緣性，一、為彼種子故，二、為彼所依故。為種子者，謂所有善、不善、無記轉識轉時，一切皆用阿賴耶識為種子故。為所依者，謂由阿賴耶識執受色根，五種識身依之而轉，非無執受。又由有阿賴耶識故，得有末那，由此末那為依止故，意識得轉。譬如依止眼等五根，五識身轉，非無五根，意識亦爾，非無意根。復次，諸轉識與阿賴耶識作二緣性，一、於現法中，能長養彼種子故，二、於後法中，為彼得生，攝植彼種子故。於現法中，長養彼種子者，謂如依止阿賴耶識，善、不善、無記轉識轉時，如是如是於一依止，同生同滅，熏習阿賴耶識。由此因緣，後後轉識善、不善、無記性，轉更增長，轉更熾盛，轉更明了而轉。於後法中，為彼得生，攝植彼種子者，謂彼熏習種類，能引攝當來異熟無記阿賴耶識。如是為彼種子故，為彼所依故，長養種子故，攝植種子故，應知建立阿賴耶識與諸轉識互為緣性轉相。」
慧沼：瑜伽論說「阿賴耶識與諸轉識作二緣性，一為彼種子故，二為彼所依故」，彼論解釋云「為種子者，謂所有善、不善、無記轉識轉時，一切皆用阿賴耶識為種子故」者，即是說阿賴耶識為諸轉識之因緣。又彼論解釋云，為所依者，由執色根，五識依之而轉等者，即是說阿賴耶識為諸轉識之增上緣。瑜伽論說「諸轉識與阿賴耶識作二緣性，一、於現法中，能長養彼種子故，二、於後法中，為彼得生，攝植彼種子故」，言「於現法中，能長養彼種子故」者，即是現行熏種，現行是所熏種之因。彼論解釋云「於後法中，為彼得生，攝植彼種子者，謂彼熏習種類，能引攝當來異熟無記阿賴耶識」者，此中熏習種類即是業種，即由業種引攝當來異熟無記阿賴耶識，故為增上緣。此即顯示由業，彼異熟方得生。
願施：《成唯識論疏義演》卷2釋云：「一、於現法長養彼種者，意云，七識現行於現世法中，能熏第八名言種子，漸令增長。二、於後法攝植彼種者，意云令後未來法得生故所以，即轉識善、惡業種子攝取第八名言種子，令得增長感當來果。」
窺基：此文總釋頌中所言互成因緣之理。
窺基：此意，除阿賴耶識外，餘七識品既為能熏，亦為所生，故與阿賴耶識互為因緣。雜染法通三性，即是一切有漏之法。
願施：《成唯識論疏抄》卷4云：「既為能熏，亦所生故者，前七識亦為能熏成種故，前七識亦為所生，從種子生故。」
窺基：此舉增上緣例，來比喻因緣義。如燈炷與燈焰，展轉生燒，意謂由炷生焰，如種子生現行，由焰燒炷，如現行熏種子，故名展轉，此喻，喻因緣義，以種、現二法為所喻。言「又如束蘆」者，此顯三法如蘆相依，為俱有因。
願施：言「三法」者，應是種子、阿賴耶識、轉識。
窺基：此說，唯種與現，實名因緣，除此所餘，不是因緣。故不以現行七識望第八現行識為因緣，但取種子望後現行而為因緣。
願施：此中是望體別，故說種、現攝因緣盡，若望果別，亦有種子生於種子，此豈非是因緣？
窺基：此問，若種唯是本有，則轉識與阿賴耶識彼此相望，豈不是無有因緣義？
窺基：若本有師救言：「種子本有，但熏增長，名為因緣。」論主即伏難云，汝言諸法各但一本有種，若異熟果、因但是一種所生，則善、惡業現行熏習異熟果種，令增長時，善、惡業應與果種為因緣。又汝若言善、惡業體是一種生，異熟果體是一種生，各一種者，然而異熟果現行不自熏種，異熟果種是本有，但由善、惡業現行熏，令異熟果種增長，則業於果種能令增長故，應名因緣，如於自業種但令增長，而為因緣故，或復業種能增長名言種子，應是因緣。然而於實，業或業種非是異熟果種因緣，故知非以熏增長故，名曰因緣。又異熟果種如業種，亦增長故，故知非唯本有種子，而是亦有新熏種子。由是義顯，應諸現行望本有種，不名因緣，但是熏習增長。此本有種，是以自類為其因緣。此是護法菩薩所持正義，即現行望本有種子，無因緣義，但增長故。若依此義，如何可說種子、現行互為因緣？護法既持種子存有新熏、本有二類，即以現行望於新熏種子正是因緣，現行望本有種子則為增上緣。
《成唯識論疏義演》卷2云：「但令增長者，意云，業現行增自種名因緣，應業現行增第八種，應名因緣，此就他宗為難，以護法不許善等現行增長種子，名因緣，要熏成種，種生現行，為親因緣故。」
智周：言「應諸現行望本有種，不名因緣，但是熏習增長」者，是說轉識望第八識，不為因緣，但是熏習增長彼種，同於業故。
窺基：又違聖教說種由熏習生，是故唯本有義，與理、教俱相違，前已證違理，此證違教故。
窺基：自此以下是第二，難唯新熏。此文正難彼新熏宗。言「有為無漏」者，即是說見道等。若是無本有種，則見道等有為無漏，應不得生，無因緣故。可立量云：「汝初無漏，應不得生，無因緣故，如兔角等。」
窺基：若彼新熏師救言：「初無漏起，是以世第一法為其因緣，有漏法中此最勝故。」彼說不然。若是有漏能生無漏，應無漏亦能生有漏，許有漏、無漏得互相生故。若言有漏善能生無漏，無漏則不得生有漏，以無漏、有漏相違故。則既然彼此相違，又如何有漏能生無漏？若是彼問，初無漏起，許無因緣，亦有何妨？則答不可，因為佛說一切有為，無有一法非因緣生，若是許有無因得生，便非釋種。
願施：「釋種」即是佛子之義。
窺基：若許有漏能生無漏，則應無漏能生有漏。若許如此，便有諸佛有漏復生之過。又者，若許相違而得為因緣者，便有善等應為不善等種之過。
窺基：自此以下是破分別論者。分別論者，即小乘大眾、一說、說出世、雞胤四部，以及大乘唯說新熏心溷師等。彼計，無有法爾本有種子，心性本淨，離煩惱時，既體清淨，此即為無漏因，如乳變為酪，以乳中有酪性故，亦如木生火，以木中有火性故。此文即是立其宗義。
智周：《阿毘達磨大毘婆沙論》卷27云：「謂或有執心性本淨，如分別論者，彼說心本性清淨，客塵煩惱所染污故，相不清淨。」又云：「彼說染污、不染污心，其體無異，謂若相應煩惱未斷，名染污心，若時相應煩惱已斷，名不染心。」彼宗意說，無始以來，心體自淨，由起煩惱故名染污，染污非心無始本性，故立客名。
願施：《成唯識論疏抄》卷4云：「錯解義者，總名為心溷師也。」
窺基：論主問曰，彼經所言「心性」，其義是何？
窺基：此中「空理」，即是真如。此說，空非心因，常法非種子故。
願施：此意，若說心性即是真如，則此心性非心之因，即不得為無漏心因。
以體前後無轉變故。
窺基：若言心性即是心體，體能緣法，則此心體，應同數論外道所計大等，相雖轉變，而體常、一。此即有漏心相轉為無漏相時，是以無漏心體作無漏故，非是前體滅，後體生，故言性常。言「相雖轉變」者，即是失前有漏之相，得無漏相，故名為相轉變。
願施：此意，若言心性即是心體，則此心體應是無漏，應是常、一，以汝心性，是無漏法因，本來清淨故。
窺基：又可難云，若是有漏為相，性是無漏，則惡、無記心應是善。此意，有漏善心，心性淨故，名善，其不善、無記心，亦應名善，心性淨故，如有漏善。
許則應與信等相應。
窺基：又若不許此與信等相應，則此不善心等，應非善心。
尚不名善，況是無漏。
窺基：又此不善心等，尚且不名善，何況是無漏。此上即成立不善、無記心，心性非善。
窺基：自此以下是作正難。此說，有漏善心，性非無漏，名雜染故，如不善等。有漏善心既名雜染，即不應與無漏為因。此中所言「雜染」，通一切三性有漏法，為諸煩惱所緣縛義。
願施：《成唯識論疏抄》卷4云：「若言雜染，則通善等三性。若但言染，則唯是不善、有覆無記也。」
《成唯識論疏義演》卷2云：「言所緣縛義者，意云有漏善心名雜染者，以彼煩惱所緣所縛故，故名雜染。」
勿善、惡等互為因故。
窺基：此釋何故有漏不得為無漏因。即是，有漏、無漏性相違故，非互相親生故。
窺基：此難相違得互為因。若有漏心，性是無漏，則無漏心，其性應是有漏，以相違故，如有漏性。若說唯有漏心，性是無漏，非無漏心性是有漏，此亦不成，差別所以不可得故。
願施：言「差別因緣不可得故」者，意謂有漏心、無漏心，同是心法，心法一性，差別因緣實不可得。
窺基：又者，若心性淨即是無漏，則諸異生位，應起無漏現行，許有漏現行心性淨故，即應如佛等聖，名為聖者。
窺基：此敘彼之救言。即是，異生之心，性雖無漏，由相有染，故不名為無漏。
窺基：論主正難，則心種子亦應由相有染，不名無漏，何故彼論說諸異生，唯得成就無漏種子，不說成就現行？現行、種子，二者性、相，皆類同故。
窺基：此是申明心性淨義。心性淨者，即是說心空理所顯真如，真如是心真實性故。勝鬘經中具說此義。又對法論第十卷云：「心轉依者，謂已得無學道，證得法性心自性清淨，永離一切客塵隨煩惱故，名為轉依，即是真如轉依義。」即是解心轉依真如，說為心本性淨。
智周：《勝鬘師子吼一乘大方便方廣經》卷1云：「如來藏者，是法界藏、法身藏、出世間上上藏、自性清淨藏。此自性清淨如來藏，而客塵煩惱、上煩惱所染，不思議如來境界。」
或說心體非煩惱故，名性本淨。
窺基：或說依他起心，體非煩惱，名為心性本淨，心所等亦如是，此如瑜伽論第五十四卷所說。然依他心，以相應煩惱擾，名為客惑所染，若令客染斷盡，則心即得解脫。
智周：《瑜伽師地論》卷54云：「又復諸識，自性非染，由世尊說，一切心性，本清淨故。所以者何？非心自性，畢竟不淨，能生過失，猶如貪等一切煩惱。」
窺基：心性者，即真如。真如無為，非心之因，亦非種子能有果法，如虛空等。是故非有漏心，性是無漏，名本性淨。
窺基：此為申明正義。即是，應信本有無漏種子，此本有無漏種於勝進位（順解脫分善根已去，名勝進位），但是受熏增長。言「復熏成種」者，是說入見道，無漏法起時，復可熏生無漏新種。且如無漏種子，既有本有及與新熏，有漏法種，類同於此，應皆悉知。
窺基：唯新熏師難言：「論說內種定有熏習，此如何通本有種子？」論主解說，若是唯有本有種子，則於論說內種定有熏習之義，難以會通，我宗是兼有本有種，故無有妨。況且，既然聖教不定說一切種子皆熏故生，汝寧全撥無本有種？
窺基：此說本有種子，亦是由於熏習，令其增盛，方能得果，新熏種子，於理是由熏習而生，是故論說內種定有熏習。
窺基：此顯聞法熏習，通有、無漏。由於外人復問，何以論說「說聞熏習，聞淨法界，等流正法，而熏起故，是出世心種子性故」？故作此答。
窺基：從順解脫分善根已去，當聞正法時，由此有漏現行，及自因緣所熏有漏種，為增上緣故，令其本有無漏種子亦得增長，展轉增勝，後時，即以此所增勝無漏種子，正生出世之心，是故亦說此所增勝無漏種子，名聞熏習。
願施：《成唯識論疏義演》卷2云：「言及自因緣者，有漏種子也，意說聞熏習有漏現行，從自種子生，復熏成種，為增上緣，資彼無漏種且得增長。」
窺基：此中所說「有漏性者，是修所斷」，即同對法論第四卷之文。所言「感勝異熟，為出世法勝增上緣」，即如瑜伽論第五十一卷所說。
願施：《大乘阿毘達磨雜集論》卷4云：「云何修所斷？幾是修所斷？為何義故，觀修所斷耶？謂得見道後，見所斷相違諸有漏法，是修所斷義。見所斷相違者，謂除分別所起染污見等餘有漏法。有漏法言，亦攝隨順決擇分善，麤重所隨故，一切一分是修所斷，一分者，除見所斷及無漏法。為捨執著修圓滿我故，觀察修所斷。」
《瑜伽師地論》卷51云：「復次，阿賴耶識所攝持順解脫分，及順決擇分等善法種子，此非集諦因，由順解脫分等善根，與流轉相違故，所餘世間所有善根，因此生故，轉更明盛。由此因緣，彼所攝受自類種子，轉有功能，轉有勢力，增長種子，速得成立。復由此種子故，彼諸善法轉明盛生，又復能感當來轉增轉勝可愛可樂諸異熟果。」
窺基：此中所說「無漏性者，非所斷攝」，亦同對法論第四卷之文。言「與出世法正為因緣」者，即是辨明此本有無漏種，為出世法親生因緣。
願施：《大乘阿毘達磨雜集論》卷4云：「云何非所斷？幾是非所斷？為何義故，觀非所斷耶？謂諸無漏法，除決擇分善，是非所斷。無漏法者，謂出世聖道、及後所得、并無為法。十界、四處、諸蘊一分，是非所斷。」
窺基：此無漏種，望出世心是正因緣，然以未起現行故，相狀難知故，是故微隱難了，故攝大乘論等諸論，但寄於麤顯之有漏聞熏，以彼是無漏法勝增上緣故，而方便說為出世心種。彼增上緣雖非正因緣種，然而若無有漏聞熏習者，則無漏之種即不生現行。
願施：順解脫分、順決擇分二善根中，於無漏種子之增長，有何差別？
窺基：約有漏行有上、中、下品別，故於無漏種子增長，亦有差異。無漏種子，於順解脫分中，是下品熏增長，於順決擇分中暖、頂二位，是中品熏增長，於順決擇分中增上忍及世第一法二位，是上品熏增長。
依障建立種姓別者，意顯無漏種子有無。謂若全無無漏種者，彼二障種，永不可害，即立彼為非涅槃法。若唯有二乘無漏種者，彼所知障種，永不可害，一分立為聲聞種姓，一分立為獨覺種姓。若亦有佛無漏種者，彼二障種，俱可永害，即立彼為如來種姓。
窺基：此釋瑜伽論第五十二卷中依有障、無障而說種姓差別之義，文易可解。
窺基：是故，由無漏種子有、無之差別，障有可斷、不可斷義。
窺基：此釋何故聖論但約障而立種姓，不約無漏種？由於無漏種子微隱難知，故約彼障而顯種姓差別。否則，彼障有何所以而有可害、不可害之差別？此中「因」者，即所以義。
窺基：彼若救言，由於法爾之力，故障有可害、不可害。即難彼云，對於無漏法種，寧何不許有乘姓各別之法爾種子？
窺基：此說，若是本來全無無漏法種，以無因故，則諸聖道永不得生。
窺基：此意，汝今但說依障有無而立種姓，然而無漏種子若本全無，誰當能害二障種子？
窺基：由無無漏種故，聖道必無生義。聖道既必不生，則聖教約當可生而說地獄等成種非現，亦定非理。
窺基：然而聖教處處說有本有種子，即是皆違彼所立新熏義，是故種唯始起，於理於教俱是相違。諸經論中並無決定之文，言一切種子皆是法爾有而無熏生，亦無決定之文，說一切種子唯是新熏而無法爾種，是故本有、新熏二種皆取，方是善順契經。
窺基：此為總結。即是，諸法種子不論有漏、無漏，皆是各有本有、新熏二類。此義於理無有過失，亦不違經。入見道已，由於無漏現行，可別熏生無漏新種。入地之前，有漏現行勢力弱故，不能別令無漏種生，但令舊種增長，即如前說由聞熏習，令本有種漸增盛故。