窺基：自此以下是解釋頌文「此能變唯三，謂異熟思量，及了別境識」三句。於中有二，先是別解三句，後別解能變義。此文即是別解第一句「此能變唯三」。言「識所變相，雖無量種」者，即是解釋頌中「此」字，此能變識見、相分之相狀，各各有無量種故。論言「唯」者，是決定義，是說此見分、相分所依自體能變之識，其體類數決定是三，非增非減。
一、謂異熟，即第八識，多異熟性故。
窺基：自此以下是合解下二句「謂異熟思量，及了別境識」，此二句是說初二能變識，及第三能變識。此三種能變識，第一，謂異熟識，即第八識。論言「多異熟」者，是說此第八識體總有三位，一、我愛執藏現行位，此位唯在七地以前菩薩、二乘有學及一切異生。此位第八識，從無始以來，乃至無人執位，名阿賴耶，此名依執藏義。二、善惡業果位，是說從無始以來，乃至菩薩金剛心或解脫道時，或者乃至二乘無餘依位。此位第八識，從無始以來，名毘播迦，乃至無所知障位。毘播迦，此土云異熟識，「毘」者，異義，「播迦」者，是熟義。三、相續執持位，是說從無始以來，乃至於如來盡未來際利樂有情位。此位中第八識，名阿陀那，此土云為執持，或名心等。第八識之長短分限，不過此之三位，然以第二位異熟之名亦通初位故，故論說此能變識名「異熟」，多異熟性故。不言初位阿賴耶名，以其範圍狹故，不言後位阿陀那名，以其範圍寬故。此中意說熏習位時之第八識，因此，若說寬名阿陀那，然佛無熏習，說即無用，若說狹名阿賴耶，然菩薩八地以後猶有熏習，便為不足。又此能變識，是但說有虛妄性之因位，不說佛果之位，故論言異熟識，是多異熟性，如此寬狹皆得。
願施：何意須約熏習之位，而取異熟識？
智周：由前外人難說，若無實我，云何世間及諸聖教說有我、法？前答彼云，我、法分別熏習力故，諸識生時，變似我、法。為順此解，故取熏習識位。
窺基：言「多異熟性」者，是說眾生五位，一、異生位，二、二乘有學位，三、二乘無學位，四、十地菩薩位，五、如來位，於此五位，異熟一名通前四位，故言多異熟性，不說餘名。又瑜伽論第四十九卷，立菩薩七種地位，一、種性地，二、勝解行地，三、淨勝意樂地，四、行正行地，五、決定地，六、決定行地，七、到究竟地，此地為最上成滿菩薩住及如來住合立。於此七位，阿賴耶名在前四地，異熟名通六地半，第七地中攝第十地菩薩故，阿陀那名貫通七地。然依雜染位中，異熟性是多分，且通阿賴耶性，故言多異熟性。又十三住，即是菩薩十二住及如來住，瑜伽論第四十七卷立為種性住、勝解行住、極歡喜住、增上戒住、增上心住、覺分相應增上慧住、諸諦相應增上慧住、緣起相應增上慧住、有加行有功用無相住、無加行無功用無相住、無礙解住、最上成滿菩薩住及最極如來住。於此十三住位，阿賴耶名通前九住，阿陀那名通十三住，異熟名通前十二住，故名多異熟性。
又言「多異熟性」者，意在簡別他識。「多」者，相續義，一切時行，多時行故，名之為多。「異熟」，是說業果，即五果中之異熟果。前六識雖有異熟而非多，第七識雖多但非異熟，故唯有第八識合乎此名。又「多」者，是廣義，即是總義，雖異熟之義亦通前六識，然前六識非總報主，故不立名為「多」，第七識非異熟，故亦非「多」，故唯有第八識名為異熟，餘識不名。
願施：前言菩薩十三住及七種地位，請問此二如何相攝？
窺基：如《瑜伽師地論》卷49云：「種性住，名種性地，勝解行住，名勝解行地，極歡喜住，名淨勝意樂地，增上戒住、增上心住、三種增上慧住、有加行有功用無相住，名行正行地，無加行無功用無相住，名決定地，此地菩薩墮在第三決定中故。無礙解住，名決定行地，最上成滿菩薩住及如來住，名到究竟地。」三決定者，即是一、種性決定，二、發心決定，三、不虛行決定。此決定地菩薩，墮在第三決定中。
窺基：第二，謂第七識，恒審思量故。此言「恒」者，是簡別第六識，意識雖然審思而非是恒，有間斷故。言「審思」者，是簡別第八識，第八識雖恒起，然非審思。又「恒審思量」者，是雙簡前五識，彼五識非恒起、非審思故。雖說此第七識實是內緣思量，然於此中不言「內」者，以通說有漏、無漏故，佛第七識亦緣外境相故。又第七識亦名為意，「意」有二義，一者，依止名意，二者，思量名意。論但言思量而不說依止，以依止之名是與他共故，今顯不共，故以思量行相而顯此識自性，是故不名依止。又者，現正思量，名之為意，對法論說無間覺義，亦名為意，即是次第滅根。今此論言思量，是說現正思量，簡別無間覺義，故論言恒，顯此思量恒是現在。
願施：《大乘阿毘達磨雜集論》卷2云：「無間滅意者，由隨覺故，無間覺義是意義。」
窺基：第三，謂了境識，即前六識。前六識同是了別麤境，異於第七、八識，是故合為一名。
窺基：依於六種理由，故論說麤。一、約多分故；二、約易知故，以了境之行相麤故易知；三、諸有情等共悉知故，嬰孩之屬皆知其有；四、內、外道等皆許有故；五、大、小乘等所極成故，三乘通許有故；六、不共義故，七、八二識所緣境細，不麤了故。
及言顯六，合為一種。
窺基：頌言「及了別境識」，此中「及」字，是合集義。了境識有六種不同，今合為一，名為了境，是故頌中言「及」。
窺基：自此以下是別解能變義。此是束三種能變識，合為二種，即以二義解釋能變。
窺基：第一，因能變，此言「因」者，即所由義，是說種子，種子為現行生起之所由故。此「因能變」是唯望現果為名，據理而言，應可名為果變，種子是種子及現行所引生故，今此是望果說，故取生現行因。「變」者，是轉變義。此因能變，即是三能變之初異熟識中所有等流、異熟二種習氣。言「習氣」者，此是現行氣分熏習所成，故名習氣。此諸習氣，其為自性親因者，名為等流種，其為異性招感者，名為異熟種。一切種子由此等流、異熟二種習氣攝盡，士用種及增上種，皆是於此二中假施設立，是故文中不說。故知因能變者，是以因即能變，名因能變，是說第八識中等流、異熟二種習氣，此二因能轉變生後自類種、同類現行及異熟果故。
願施：《成唯識論疏義演》卷2云：「種及現行所引生故者，意說種子，由先現行薰生，及從前念自類種子所引生，合許是果。」
智周：前言「唯望現果為名」，是說因能變名，唯是對所生現行果而說。
願施：何故說種是因，現行是果？
窺基：此釋等流習氣。此中不以等流習氣所變之果來顯其自性，而是但舉等流習氣能變之因來顯其自體。等流習氣之因，即是七識中善、惡、無記三性之法。以第八識不是能熏，故說是由七識熏生，第七識唯是無記性，前六識則是通三性。此文義顯等流習氣所生現行，通諸有漏三性之法，而其各自種子所引生之八識各各自果，即是名言種子。言「等流」者，「等」即相似，「流」是流類，即此種子與果，性同、相似名等，果是彼類，名之為流，即是從等所流，從因而名，故名等流。又以即等之流，名為等流，是依士釋。又等流習氣者，即是名言熏習種子，此是等流之習氣，名等流習氣，是依士釋，非持業釋，等流非因名故。
願施：《成唯識論疏義演》卷2云：「論云熏令生長者，意云新薰種名生，本有種子名長，又云初薰名生，後數數熏習合長。」
《成唯識論疏義演》卷2云：「等流之習氣者，等流是果，習氣即因，因果不同時故，依主釋也。」
窺基：此釋異熟習氣。前等流習氣是因緣種子，其所生果通八識種、現。此異熟習氣是增上緣種，即是有分熏習種子，此中亦不以所生異熟之果來顯其因性，而是但舉此因能變之因來彰顯自體。異熟習氣之因，即是六識中有漏善、惡法。此文義顯異熟習氣所生之果，是除第七識外，通餘諸識及五蘊等無記之法。此異熟習氣因，體是唯通善、惡二性，果即唯是無記，前等流習氣因，則是因、果皆通三性。第七識唯是無記性，勢力羸劣，不能感果，故非異熟習氣之因；此第七識，亦非異熟果，是有覆性故。第八識不能熏種，是故亦非異熟習氣之因。是故，論中不說第七、八識。由此可知，因能變即是種子為因，能轉變生果，果通種子及與現行，由於後自類種子亦是前等流種所引生，故說果通種子。《瑜伽師地論》卷5云：「又雖無常法為無常法因，然與他性為因，亦與後自性為因，非即此剎那。」此即舉示能熏是因，意顯七識等諸現行之法，亦名為因，亦名能變。是故論舉二種習氣各自之能熏現行，為其因緣，來解釋因能變。又異熟習氣者，即是以異熟之習氣而名，唯依士釋，以果是異熟，因名習氣故。
願施：除種子外，是否八識現行皆得為因能變？
窺基：廣義而言，辨諸法體其能生果者，即是因緣，而得名為因能變。此「變」，是轉變義，故因能變通現與種。種子是因能變者，唯在第八識中，現行是因能變者，即是除第八識通餘七識。種子中因能變者，不說我見熏習種子，彼種是由名言種子中別取一類而名故，且不能別招後果生起故。第八識唯是果能變而非因能變，種子是因能變而非果能變，現行七識則亦是因能變，亦是果能變。前六識中異熟無記心等，同第八識，唯是果能變，非因能變，非是能熏故。
窺基：此中所言果能變者，是據有「緣」之法能變現義而說，故種子非是果能變。雖種子體亦是果而能轉變，然今此論下文言果能變者，但說「有八識生，現種種相」，故知但說現行果法，名果能變。又果能變，是以變現之義名為能變，而種子是但以轉變名變，故種子不是果能變。
願施：是否異熟習氣是異於等流習氣之外而別有？
智周：善、惡種子生自現、種，名為等流種子，若有餘緣助力，而能感後異熟之果，即名異熟種子。故知異熟種與等流種，其體無異，但以各自有別勝能，故開為二。由此亦知，異熟種必是等流種，有等流種不名為異熟種，即是無記種子，及彼不招異熟果之善、惡種子。
願施：《成唯識論疏義演》卷2云：「有分熏習種子者，即業種子也。分者，因義，因能有後果故，名有分也。」
窺基：第二，果能變，即是前二種習氣所生現行果中，有「緣」法而能變現者，名果能變。然非所有因所生者，皆是此果能變中所名「果」，否則種子應亦得名果能變，自類種子亦得互相引生而名果故。此果能變，即是識自證分能變現生見、相分果。此果能變之「變」與前因能變之「變」意義不同，此「變」是以有「緣」法之變現為義。第八識中種子，亦是果之所變，此是第八識所緣故。此文之意，由前等流習氣能變力故，而有八識三性因緣果生，由前異熟習氣能變力故，而有除第七識外，餘之七識無記性異熟果生。無記之法，體性羸劣，能為等流、異熟二因所生。論言「種種相」者，顯示包括相應心所等之見、相分法，此攝五蘊，非唯識蘊一種，故說「種種」。是故，言能變者，若是種子，即唯轉變名變，但因能變，若第八識，即唯變現名變，但果能變，若是能熏七識，即以轉變、變現二義名變，是故因能變、果能變皆得。此前所說，皆在因位有漏之心，若說因位無漏種子，即唯是第六、七識種，唯有等流因能變，其無漏現行，則唯有等流果能變。若佛果位，八識現行，唯有等流果能變攝，以在果位不熏習故，其諸種子是等流因能變，亦生後自類種及現行故。
智周：欲界之中，等流種子具有三性，異熟種子具有二性。上二界中，無有不善性故，等流種子具有二性，異熟種子唯有一性。
願施：基師意說自證分是識體，見分及相分是識相。
智周：未知生何？如何生果？能起何果？此三問之答義，即論所說「八識生」者，是答其生何，論云「為因緣」者，是答如何生，下文言「名等流果」者，即答起何果。下文說異熟果，准此可知。
窺基：此顯是起何果，及解釋等流義。此果是因緣生，然因緣法必定因果同性，故名為等流果。
願施：論言「果似因」者，意謂此果與因相似名等，此果與因同性名等，果是彼因同類，名之為流，故名等流。
窺基：異熟習氣既是種子，未知生何？如何生果？能起何果？此文顯示異熟種子是增上緣，非是因緣，不親生故。異熟種子所生真異熟者，唯是第八識，此是增上緣生，其性與異熟習氣不同故。又唯第八識是總果，以此是果之主，餘果方生，主引生故，即是由強勝業引總果後，餘別弱業方能生果。此中據其勝業名「引」，能引餘業生故。又此總報，亦名引果，引餘果故。果無間故，故論說「恒相續」，由恒相續及是引果，立異熟名，餘法亦爾。
智周：言「餘法亦爾」者，是說第八識之相應心所，名為餘法。
窺基：此明異熟習氣亦感前之六識。所感六識，俱是增上緣之別果，故業名滿。「引」如作模，「滿」如填彩，成圓果事，具足果事，名之為滿，滿義亦通因、果，故此別果及業，名為滿果、滿業。此所感六識，是從第八識真異熟起，故名異熟生，以非是主，有間斷故，不名真異熟。
願施：何謂真異熟？
窺基：真異熟者，具有三義，一、是業果，二、不間斷，三、遍三界。第七識具中、後二義，不具初義。第六識報心具初、後義，不具中義。第六識非報心具後義，不具初、中二義。前五識報心具初義，不具中、後二義。前五識非報心，三義俱無。是故，唯第八識獨得真異熟名。
窺基：此解釋生何果，即是生異熟果。異熟因是善、惡性，異熟果是無記性，故說異熟因、果性異。以別從總，稱真異熟及異熟生，俱名為異熟果。其第七識，非是異熟種所引生，因位唯染，故非異熟果。
願施：既言前六識報心是異熟生，則善等三性之法應皆名為異熟生，皆是從真異熟而起故。
窺基：汝說不然。異熟生者，如對法論第五卷所說，若法是異熟，且從異熟起者，名異熟生。善等雖從真異熟起，然而不是異熟，故不名異熟生。
願施：真異熟也是從自前念及自種而起，即合「法是異熟，從異熟起」此之二義，應該亦可名異熟生。
窺基：此說可然，瑜伽論第六十三卷亦有廣說。今以五義解釋異熟，一、若法是異熟，從異熟起，無間斷，遍三界者，即名為真異熟，亦名為異熟生；若法是異熟，從異熟起，有間斷，不遍三界者，名異熟生，非真異熟。二、若法非異熟，有間斷，不遍三界，雖從異熟起，不名真異熟，不名異熟生。三、若法是有漏，且依異熟者，可名異熟生，不名真異熟。由是之義，則有漏種子皆名異熟生，無漏種子不名異熟生，非有漏及不同性故。四、若法是有為，且是依異熟有，即不名真異熟，而名異熟生。由是之義，因中無漏有為，亦並名異熟生，故瑜伽論第五十七卷說二十二根，一切皆有異熟種子。佛果諸無漏法，則非是異熟生。五、若法緣合，雖與本性不同，然以變異而熟，果始能生故，名異熟生。由是之義，即一切有為法皆是異熟生，故具知根亦名異熟生，佛果無漏諸有為法，皆名為異熟生。今此論文是取五義中第一義，不取餘義，故說唯第八識是真異熟。
願施：於二十二根，《瑜伽師地論》卷57云：「問：幾有種子異熟？答：一切皆有。問：幾是異熟生？答：亦一切，種子所攝異熟所生故。」
窺基：此說，雖異熟果通七識有，然今所說初能變者，則唯是真異熟。此初能變，是我愛所執藏，能持雜染種子，又是能變果識，名真異熟，非說一切業所感者，皆是初能變。論中言「持雜染種」者，即顯此是善、惡業果，是持種識，非是種子。言「能變果識」者，顯此非是能變中因能變，不能熏故。言「我愛執藏」者，顯初能變之名。言「異熟」者，是說或異時而熟，或變易而熟，或異類而熟，或異熟因所招，名異熟果。
慧沼：今此論文，顯示簡別自他，一、簡別他識，即餘六識非真異熟。二、簡別自識，是說八地以去之第八識，雖仍是真異熟，然非是我執恒愛著處，已捨我執故。由此可知，此論但取我執所依，持雜染種，異熟果識，為初能變，非是攝盡一切異熟果識，是故論云「且說」。